预付款保函有效期银行长一般提供24个月担保时间，如果继续要提供履约保函，要再行申请，而且银行方面也会向接受履约保函方提出到期的公函。承包商履约担保的有效期是在合同中约定的。合同约定的有效截止时间一般为工程建设合同约定的工程竣工验收合格之日后30天至180天。
预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。
还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。
工程招投标后为了使交易时更加放心有保障，都会要求对方开具一份预付款保函，这样既可避免交易中爽约的损失，在任何银行开具预付款保函的企业，首先是银行的开户会员，然后都必须是合法的企业有相关的营业执照等合法文件、有足够的业务资质等等，然后就可以在银行申请预付款保函，审核通过后就可以开出了。
在保函中，出具保函的银行承诺的内容是重要的，该银行的承诺必须是“无条件的”和“不可撤消的”。“无条件的”即意味着当买方仅凭保函书面称卖方未履行其交货义务，要求出具保函银行按保函金额付款时，买方无需提供其他任何证明，也不管实际原因如何，该银行必须立即无条件地支付保函金额。“不可撤消的”是指保函在开立后，在规定的有效期内是不能撤消的。