医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授84人，博、硕士研究生导师64人，承担着博士、硕士研究生、七年制儿科专业、护理大中专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
北京儿童医院小儿泌尿外科注重开展国内外学术交流，同时是国内小儿泌尿外科专科医师培训基地。近些年在包括美国新英格兰杂志在内的国内外核心期刊发表论文350余篇。多次获得北京市和北京市卫生局科技进步奖。已完成或正在完成首都医学发展基金、卫生部重点支撑项目、跨世纪人才工程和十百千工程等多项科研项目。2012年获得国家自然科学基金支持，对尿道下裂的病因学进行了深入的研究。近年来获得专利近10项。
当爸爸妈妈们发现孩子阴囊，并且触摸睾丸有疼痛时，千万要当心了，有可能是附睾睾丸炎症或者睾丸扭转，而这两种情况都是必须要及时的，即使是疫情期间，也应该做好防护后立即医院急诊就诊，并且在去往医院的路上，暂时不要给孩子进食进水，为可能需要进行的急诊手术做好准备。此外，如果未进行手术的隐睾患儿，发生了腹股沟区(大腿根部内侧)的疼痛，也应及时急诊就诊哦。
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