王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
39岁女患者罗某，头昏、腰酸、乏力、泛恶、尿有泡沫七个月，尿蛋白3+，在医院吃了西药加中药，头昏、泛恶明显改善，但余症未减，王永钧辨证证属肾气阴两虚兼风湿扰肾，在西药的基础上，加服复方α-酮酸及复方积雪草Ⅱ号方加减，加服雷公藤多苷片，调理一个月后，血压正常，尿常规阴性。继续服1个月后，去可乐定，雷公藤多苷片服2周停2周，6个月后停服雷公藤多苷片，尿常规持续阴性。随访7年，自觉无不适。
王永钧从开始得病之后的忐忑，甚至可以说是害怕，在过程中的心灰意冷，到偶遇中医，是中医让他重拾生命的希望。他感受到了疾病对身体的危害，也深刻感受到了中医的魅力，他萌生了学习中医的想法，在和家人沟通之后，就毅然决然辞去了财税局的工作，改行开始学医。
在医院当徒弟的日子里，也让他逐渐对西医产生了浓厚的兴趣。那时候他的中医老师，懂点西医，会看X光片，这让他感到很好奇。后来就开始接触西医，并开始学习西医，而且还考上了当时的浙江医科大学函授班，开始学习中西医。