预付保函又称还款保函（repayment guarantee）及退款保函，在贸易合同中还可以称为定金保函（down-payment guarantee）。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，由银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约（不管这种行为是有意的或者是无意造成的），担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。
按公式计算起扣点和抵扣额
原则：当未完工程和未施工工程所需材料的价值相当于备料款数额时起扣。每次结算工程价款时，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材总值=未完工程价值×主要材料比重=预付备料款
未完工程价值=预付备料款÷主要材料比重
起扣时已完工程价值=施工合同总值－未完工程价值
应扣还的预付备料款，按下列公式计算：
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次扣抵额= (累计已完工程价值－起扣时已完工程价值)×主材比重
以后每次扣抵额=每次完成工程价值×主材比重 例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
合同规定预付备料款为合同价款的25%。则：
预付备料款=300×25%=75万元
起扣点=300－75/62.5%=180万元
即：当累计结算工程价款为180万元时，应开始抵扣备料款。此时，未完工程价值为120万元
所需主要材料费为120×62.5%=75万元，与预付备料款相等
(2)按合同规定办法扣还备料款
例如：规定工程进度达到60%，开始抵扣备料款，扣回的比例是按每完成10%进度，扣预付备料款总额的25%
(3)工程后一次抵扣备料款
适合于造价低、工期短的简单工程
备料款在施工前一次拨付，施工过程中不分次抵扣。当备料款加已付工程款达到95%合同价款(即留5%尾款)之时，停止支付工程款
4.预付款的额度
工程预付款的额度不超过合同金额（扣除暂列金额）的30%。
在凭保函交付货物的情况下，收货人保证在收到提单后立即向船公司交回全套正本提单，承担应由收货人支付的运费及其他费用的责任，对因未提交提单而提取货物所产生的一切损失均承担责任，并表明对于保证内容由银行与收货人一起负连带责任。凭保函签发提单则使得托运人能以清洁提单、已装船提单顺利地结汇。关于保函的法律效力，海牙规则和维斯比规则都没有作出规定，考虑到保函在海运业务中的实际意义和保护无辜的第三方的需要，汉堡规则次就保函的效力问题作出了明确的规定，保函是承运人与托运人之间的协议，不得对抗第三方，承运人与托运人之间的保函，只是在无欺骗第三方意图时才有效；如发现有意欺骗第三方，则承运人在赔偿第三方时不得享受责任限制，且保函也无效。
性质
1、是独立于委托人与担保人之间的反担保或委托人与受益人之间的合同或投标条件之外的。
2、是依据其规定的条件生效的，由担保人以保函中规定的任何单据为基础做出决定的。
3、是不可撤销的。