1、运输不当
自己培育鱼苗对于技术的要求不是一般的高，所以一般都是直接买鱼苗养殖的，购买的鱼苗在运输的时候就容易出问题。一些鱼苗在运输的时候由于操作不当，导致出现了不适应的情况，出现应激反应死亡，还有一些则由于体制较好，存活的时间长一些，等到了育苗池才会开始死亡，如果买的草鱼苗刚到几天就批量的死亡，那么多半是这个原因了。碰到这样的情况也不要急着将鱼苗放入育苗池，给其一点适应时间，再将育苗池的环境调整到适合草鱼苗存活的程度，这样死亡会少很多。
2、刺激
初期的草鱼苗对于病虫之类的没有抵抗力，养殖户也不想它们碰到病虫，所以会选择使用药剂灭虫。就是这些药剂其实也会给草鱼苗较大的刺激，造成大量死亡。这些药剂对于草鱼苗的伤害也是有的，浓度低一点，它们还扛的住，但是用药的时候浓度高了、或者施放的时候比较密集，那就不单单是杀虫了，连草鱼苗也一起波及了。草鱼苗用药的时候千万要注意是否适合，不少人杀虫后连鱼苗一起解决了，这个是个很容易出错的环节。
3、缺氧
缺氧引起的鱼苗死亡是很正常的，一般威胁不是很大，因为这个的苗头比较明显，养殖户有时间去调整的。池塘由于养殖时长和清理不到位的原因，其氧气方面自然会有所欠缺的，草鱼苗本身就喜欢氧气浓度高一点的水域，它们可没有成鱼那样强悍的呼吸系统，氧气浓度稍微低一些就会出现死苗的。如果鱼苗浮头的情况频繁，大家提前做好增氧准备。
4、病害
就病害而言，这是个比较大的威胁了，病害对于成鱼的感染传播，还能让大家有时间去，但是对于鱼苗的话就没什么时间让大家反应过来去了。尤其在夏季这个阶段，草鱼苗发病的机会，什么肠炎、烂鳃之类的，这些都可能出现在鱼苗身上。另外水质恶化引起的各种病菌、寄生虫入侵也是需要提防的。
草鱼本身虽然比较容易养活，但是其鱼苗时期却是很容易出问题，这也是大一些的草鱼养活很简单的原因，差一点的可能在鱼苗阶段就没了。