鸡苗球虫病失败的原因主要涉及诊断、用药、饲养管理以及球虫自身特性等多方面，具体如下：
诊断不准确
症状误判：鸡苗球虫病的症状与其他一些肠道疾病，如坏死性肠炎、大肠杆菌病等有相似之处，如都可能出现腹泻、血便等症状。若仅根据这些表面症状进行诊断，而未进行粪便检查等实验室诊断，很容易将其他疾病误诊为球虫病，导致方向错误，从而失败。
混合感染漏诊：鸡苗在感染球虫的同时，往往还会继发或混合感染其他病原体，如、病毒等。如果只针对球虫病进行，而忽略了其他病原体的感染，就难以达到理想的效果。
用药不当
选择不合理：不同种类的球虫对的敏感性不同，且不同地区的球虫耐药性也存在差异。如果没有根据当地球虫的种类和耐药情况选择合适的，就可能导致效果不佳。
剂量与疗程错误：用药剂量不足无法有效杀灭球虫，而剂量过大则可能对鸡苗产生毒性作用。此外，未按照规定的疗程用药，在症状稍有缓解后就过早停药，会使球虫未被彻底清除，从而导致病情复发，失败。
质量问题：使用了质量不合格或过期的，的有效成分含量不足或已失效，无法发挥应有的作用。
饲养管理不善
环境卫生差：鸡舍潮湿、拥挤，粪便清理不及时，会为球虫的滋生和传播提供有利条件。即使使用了，但鸡苗仍持续处于被球虫卵囊污染的环境中，就容易再次感染，导致失败。
营养缺乏：饲料中营养不均衡，缺乏维生素 A、维生素 K 等与鸡苗和肠道健康相关的营养物质，会使鸡苗的抵抗力下降，影响的效果，同时也不利于受损肠道黏膜的修复，导致病情迁延不愈。
球虫特性与耐药性
球虫的抗药性：长期使用单一类型的抗球虫，会使球虫逐渐产生耐药性。耐药性球虫株的出现，使得原本有效的失去作用，从而导致失败。
球虫的生活史复杂：球虫具有复杂的生活史，包括在鸡体内的内育阶段和在外界环境中的孢子化阶段。只能作用于球虫生活史的某些阶段，对于一些处于特殊发育阶段或隐藏在组织中的球虫，可能无法发挥作用，导致不彻底。